Gene für Covid-19-Resilienz: Identifizierung von DNA-Markern, die mit Coronavirus-Resistenz und -Anfälligkeit in Verbindung stehen

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus Genetic Markers: An Overview of Their Role in Diagnosis and Treatment.


Coronaviren (CoVs) (Ordnung Nidovirales, Familie Coronaviridae, Unterfamilie Coronavirinae) sind für Ausbrüche von Atemwegserkrankungen bei vielen Wirbeltierarten verantwortlich. Sie sind eine große Familie von einzelsträngigen RNA-umhüllten Viren (+ssRNA), die in verschiedenen Tierarten isoliert werden können. Sie haben Genomgrößen zwischen 26 und 32 Kilobasen (kb) Länge, was die größten Genome für RNA-Viren darstellt (was wiederum die Wirksamkeit von Gesichtsmasken erhöht). COVID-19, auch bekannt als schweres akutes respiratorisches Syndrom-Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) oder "neues Coronavirus 2019", ist ein neues Virus und wir beginnen gerade, Resistenz und Empfindlichkeit bei Menschen zu verstehen.


COVID-19 ähnelt dem schweren akuten respiratorischen Syndrom (SARS) insofern, dass beide Viren ihre menschlichen Wirte über den gleichen Rezeptor, den Angiotensin-Konvertase-2-Rezeptor (ACE2-Rezeptor), infizieren und ähnliche klinische und pathologische Merkmale verursachen. Interessanterweise ist das Spikoprotein, das für die Rezeptorbindung verantwortlich ist, zwischen 2019-nCoV und SARS-CoV hoch ähnlich, was auf eine signifikante Selektion für den gleichen Rezeptor (Wu., 2020) zurückzuführen ist. Die Forschung über die Art und Weise, wie unser Körper sich gegen SARS schützt, könnte möglicherweise Aufschluss darüber geben, wie unser Körper sich gegen Covid-19 schützen kann. Mehrere kürzlich durchgeführte Genomweite Assoziationsstudien (GWAS) haben einen viel tieferen Einblick in die genetischen Variationen geboten, die erklären können, warum einige Personen praktisch unbeeinträchtigt von COVID-19 sind, während andere das Virus als lebensbedrohlich oder sogar tödlich empfinden.

In diesem Beitrag untersuchen wir die peer-reviewte Literatur und stellen Informationen über Kandidatengene für die SARS-CoV-Resistenz zur Verfügung. Wenn Sie einen zu Hause DNA-Test wie die von 23andMe, Ancestry DNA oder Dante Labs gemacht haben, können Sie Ihre Roh-DNA-Daten auswerten und sehen, wie sich Ihre DNA-Sequenz mit den Forschungsergebnissen vergleicht.


Wie man seine DNA auf Coronavirus-Resistenz oder -Anfälligkeit analysiert?


Schritt 1) Laden Sie Ihre Roh-Autosomal-DNA-Datei herunter und speichern Sie sie an einem sicheren und geschützten Ort

Um Ihre DNA-Daten zu analysieren, laden Sie zunächst Ihre Roh-Autosomal-DNA herunter und speichern Sie sie an einem sicheren Ort. Hier sind Anweisungen, um Ihre Roh-DNA-Datei herunterzuladen von: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


Schritt 2) Analyse deine Roh-DNA-Datei.


Suchen Sie Ihre Roh-DNA-Daten mit einem Texteditor wie "Text Wrangler" oder "Notepad" mithilfe der "Find"-Funktion oder der Befehlszeile.

Öffnen Sie Ihre Roh-DNA-Datei und Sie werden die Kopfzeilen eindeutiger SNP-IDs (rs# oder i#), Chromosom, Position und Genotyp bemerken. Die Formate unterscheiden sich leicht zwischen jedem Direkt-zu-Kunden-DNA-Testunternehmen.


Um Ihr Risiko einer schlechten Genesung von COVID-19 zu bewerten, schauen Sie sich die unten beschriebenen DNA-Marker an:

Kürzlich wurden mehrere Genomweite Assoziationsstudien (GWAS) veröffentlicht, die Loci beschreiben, die mit Atemversagen bei Patienten infiziert mit SARS-CoV-2 in Verbindung stehen, und drei Studien identifizierten SNP-Marker im gleichen ~50 kb genomischen Segment, das von Neandertalern geerbt wird. (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). Darüber hinaus identifizierten diese GWAS-Studien auch eine Reihe weiterer DNA-Marker, die mit COVID-19 in Verbindung stehen, und jeder dieser wird in der unten stehenden Tabelle dargestellt.


Darüber hinaus wurden in diesem Beitrag weitere DNA-Marker behandelt, darunter rs4804803, der mit SARS in Verbindung gebracht wurde, und diejenigen, die sich im Angiotensin-Konvertase-2 (ACE2)-Rezeptor befanden, der als gleicher Rezeptor für das humane respiratorische Coronavirus NL63, SARS-Coronavirus (SARS-CoV) und das neuartige Coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019) nachgewiesen wurde. Da das Spikoprotein des Coronavirus so angepasst wurde, dass es zum ACE2-Rezeptor passt, ist es wahrscheinlich, dass Personen mit Variationen, die die Proteinsequenz verändern, ein gewisses Maß an Resistenz gegen Covid-19 aufweisen. Nachfolgend sind nicht-synonyme SNPs aus dem ACE2-Transkript NM_021804.2 aufgeführt, und von besonderem Interesse sind SNPs, die zu großen Veränderungen führen, wie rs199951323, die zu einem vorzeitigen Stop-Codon führt.


Gene dbsnp Chromosom (GRCh37) POS REF ALT Risiko-Allele Marker-Effekt Referenz
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C Variante empfindlich T:T und T:C bei Männerns Odds-Verhältnis 1,44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G Risikogenotypen G:G und A:G, 3'-UTR-Variante Odds-Verhältnis für die stationäre Aufnahme = 8,29
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G Risikogenotypen G:G und A:G, Intronvariante, genomische Upstream-Transkriptvariante odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- Sie haben eine erhöhte Anfälligkeit für Atemversagen, Intron-Variante. odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C Risikogenotypen T:C und C:C, Intron-Variante Odds-Verhältnis für heterozygote Träger 1,7 Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A Risikogenotypen G:A und A:A, Intron-Variante Odds-Verhältnis für heterozygote Träger 1,7
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G Risikogenotypen G:A und G:G, Intron-Variante Odds-Verhältnis für heterozygote Träger 1,7
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C Risikogenotypen C:T und C:C, Intron-Variante Odds-Verhältnis für heterozygote Träger 1,7
ABO rs657152 9 136139265 A C or T Ein Risiko-Allel, Intron-Variante odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - Risiko-Allel ist die Deletion. p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T Anfällige Variationen T:T, C:T p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G Mögliche Variationen T:T und T:C odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T Risikogenotypen T:G und T:T, Missense-Variante Made et al., 2020;
Synonyme SNPs, die in ACE2 positioniert sind
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A Missense-Variante p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A Missense-Variante p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A Missense-Variante p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C Missense-Variante p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T Missense-Variante p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A Missense-Variante p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G Missense-Variante p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T Missense-Variante p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C Missense-Variante p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A Missense-Variante
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C Splice-Region-Variante+Intron-Variante c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T Missense-Variante p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C Missense-Variante p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G Missense-Variante p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T Missense-Variante p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C Missense-Variante p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C Missense-Variante p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T Splice-Region-Variante+Intron-Variante c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T Splice-Region-Variante+Intron-Variante c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C Missense-Variante p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G Missense-Variante p.Ser19Pro/c.55T>C
SNPs, die mit SARS assoziiert sind
CD209 rs4804803 19 7812733 A G Empfänglicher Genotyp A:A, stromaufwärts_transkriptvariante NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010


Eine interessante Beobachtung ist, dass das ACE2-Gen auf dem X-Chromosom positioniert ist, was bedeutet, dass Männer nur eine Kopie dieses Gens erben werden. Die zusätzliche Vielfalt, die durch die 2. Kopie des ACE2-Gens der Frauen auf ihrem 2. X-Chromosom bereitgestellt wird, könnte zum Teil erklären, warum Frauen weniger anfällig für Covid-19 sind.


Schritt 3) Vergleichen Sie Ihr Genotyp/Ihre SNPs mit weiteren Forschungsergebnissen.

Es gibt eine Fülle von Ressourcen, die Informationen zu diesem SNP beschreiben. Schauen Sie sich dbSNP und SNPedia an.


dbSNP

dbSNP enthält menschliche Einzelnukleotidvariationen, Mikrosatelliten und kleine Einfügungen und Deletionen sowie Veröffentlichungen, Populationenfrequenzen, molekulare Konsequenzen, genomische und RefSeq-Mapping-Informationen sowohl für häufige Variationen als auch für klinische Mutationen.


SNPpedia

SNPedia ist ein Wiki, das sich mit der menschlichen Genetik beschäftigt. Sie teilen Informationen über die Auswirkungen von Variationen in der DNA unter Berufung auf wissenschaftliche Publikationen, die einer Peer-Review unterzogen wurden. Es wird von Promethease verwendet, um einen persönlichen Bericht zu erstellen, der Ihre DNA-Variationen mit den über sie veröffentlichten Informationen verknüpft.



**Wenn Sie sich über etwas in Ihren DNA-Ergebnissen Sorgen machen, sprechen Sie bitte mit Ihrem Arzt oder einem Genetikberater.




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