Genes para la resistencia al covid-19: identificación de marcadores de ADN correspondientes a la resistencia y susceptibilidad al coronavirus

Los coronavirus (CoV) (orden Nidovirales, familia Coronaviridae, subfamilia Coronavirinae) son responsables de brotes de enfermedades respiratorias en muchas especies de vertebrados. Son una gran familia de virus envueltos de ARN de cadena sencilla (+ssRNA) que se pueden aislar en diferentes especies animales. Tienen tamaños de genoma que van desde 26 a 32 kilobases (kb) de longitud, siendo los genomas más grandes para los virus de ARN (consecuentemente aumentando la eficacia de las mascarillas). COVID-19 también conocido como síndrome respiratorio agudo grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2), o "nuevo coronavirus 2019" es un nuevo virus y acabamos de empezar a entender la resistencia y la susceptibilidad en los humanos.

COVID-19 es similar al síndrome respiratorio agudo grave (SARS) en el sentido de que ambos virus infectan a sus huéspedes humanos a través del mismo receptor, el enzima convertidor de angiotensina 2 (receptor ACE2), y causan características clínicas y patológicas similares. Curiosamente, la proteína espiga que es responsable de la unión al receptor es muy similar entre 2019-nCoV y SARS-CoV, lo que es resultado de una selección significativa para el mismo receptor (Wu., 2020). La investigación sobre cómo nuestros cuerpos se defienden contra el SARS podría revelar cómo nuestros cuerpos podrían defenderse contra el covid-19. Varios estudios de asociación genómica amplia (GWAS) recientes han proporcionado una comprensión mucho más profunda de las variaciones genéticas que pueden ayudar a explicar por qué algunas personas están prácticamente afectadas por COVID-19, y para otros el virus es una amenaza para la vida o incluso fatal.

En este post, proporcionamos una revisión de la literatura revisada por pares e información sobre los genes candidatos para la resistencia a SARS-CoV. Si ha realizado una prueba de ADN en el hogar como las disponibles de 23andMe, Ancestry DNA, Dante labs, puede evaluar sus datos de ADN crudos y ver cómo su secuencia de ADN se compara con los hallazgos de la investigación.

Cómo analizar tu ADN para la resistencia o susceptibilidad al coronavirus.?

Paso 1) Descargue su archivo de ADN autosómico crudo y guárdelo en un lugar seguro y seguro

Para analizar sus datos de ADN, comience descargando su ADN crudo y guárdelo en un lugar seguro. Aquí hay instrucciones para descargar su archivo de ADN crudo de: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.

Paso 2) Analiza tu archivo de ADN crudo

Busque su datos de ADN crudo usando un editor de texto como "text wrangler" o "notepad" usando la función "buscar" o usando la línea de comandos.

Abra su archivo de ADN crudo y notará los encabezados de SNP ID (rs# o i#) únicos, cromosoma, posición y genotipo. Los formatos difieren ligeramente entre cada compañía de pruebas de ADN al consumidor directo.

Para evaluar su riesgo de una mala recuperación de la COVID-19, busque estos marcadores de ADN descritos a continuación:

Recientemente se publicaron varios Estudios de Asociación Genómica (GWAS) que describen loci asociados con la falla respiratoria en pacientes infectados con SARS-CoV-2 y tres estudios identificaron marcadores SNP en el mismo segmento genómico de ~50 kb que se hereda de Neandertales. (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). Además, estos estudios GWAS también identificaron una serie de otros marcadores de ADN asociados con COVID-19, y cada uno de ellos se presenta en la tabla a continuación.

Además, otros marcadores de ADN cubiertos en este artículo incluyen rs4804803, que se asoció con SARS, y aquellos ubicados en el receptor de la enzima convertidora de angiotensina-2 (ACE2), que se demostró que era el mismo receptor para el coronavirus respiratorio humano NL63, SARS-coronavirus (SARS-CoV) y el nuevo coronavirus 2019-nCoV / SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Dado que la proteína de espiga del coronavirus ha evolucionado para adaptarse al receptor ACE2, es probable que las personas con variaciones que alteran la secuencia de proteínas presenten un grado de resistencia a la covid-19. A continuación se muestran los SNPs no sinónimos del transcripto ACE2 NM_021804.2 y, en particular, los SNPs que causan cambios importantes como rs199951323, que resulta en un codón de parada prematuro.