Geni per la resilienza del covid-19: identificazione di marcatori del DNA corrispondenti alla resistenza e alla suscettibilità al coronavirus.

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus Genetic Markers: An Overview of Their Role in Diagnosis and Treatment.


I coronavirus (CoV) (ordine Nidovirales, famiglia Coronaviridae, sottofamiglia Coronavirinae) sono responsabili di epidemie di malattie respiratorie in molte specie di vertebrati. Sono una grande famiglia di virus a singolo filamento di RNA con envelope (+ssRNA) che possono essere isolati in diverse specie animali. Hanno dimensioni del genoma comprese tra 26 e 32 chilobasi (kb) di lunghezza, rendendoli i genomi più grandi tra i virus a RNA (aumentando di conseguenza l'efficacia delle mascherine). COVID-19, noto anche come sindrome respiratoria acuta grave da coronavirus 2 (SARS-CoV-2) o "nuovo coronavirus 2019", è un nuovo virus e stiamo appena cominciando a comprendere la resistenza e la suscettibilità negli esseri umani.


Il COVID-19 è simile alla sindrome respiratoria acuta grave (SARS) nel senso che entrambi i virus infettano i loro ospiti umani attraverso lo stesso recettore, l'enzima di conversione dell'angiotensina 2 (recettore ACE2), e causano caratteristiche cliniche e patologiche simili. Interessante notare che la proteina spike, responsabile del legame con il recettore, è altamente simile tra il 2019-nCoV e il SARS-CoV, questo è il risultato di una significativa selezione per lo stesso recettore (Wu., 2020). La ricerca su come i nostri corpi si difendono dalla SARS potrebbe rivelare come i nostri corpi potrebbero difendersi dal covid-19. Diversi recenti studi di associazione a livello genomica (GWAS) hanno fornito una visione più approfondita delle variazioni genetiche che possono aiutare a spiegare perché alcuni individui sono praticamente immuni al COVID-19, mentre per altri il virus è potenzialmente letale.

In questo post, forniamo una recensione della letteratura sottoposta a revisione paritaria e presentiamo informazioni sui geni candidati per la resistenza al SARS-CoV. Se hai effettuato un test del DNA a casa come quelli disponibili da 23andMe, Ancestry DNA, Dante labs, puoi valutare i tuoi dati del DNA grezzi e vedere come la tua sequenza del DNA si confronta con i risultati della ricerca.


Como analizar tu ADN para la resistencia o susceptibilidad al coronavirus?


Passo 1) Scarica il tuo file raw del DNA autosomico e salvalo in una posizione sicura e protetta. Per analizzare i tuoi dati del DNA, inizia scaricando il tuo DNA autosomico raw e salvalo in una posizione sicura. Ecco le istruzioni per scaricare il tuo file raw del DNA da: '. Fornisci la traduzione in italiano. 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


Passo 2) Analizza il tuo file DNA grezzo.


Cerca i tuoi dati grezzi del DNA utilizzando un editor di testo come "text wrangler" o "notepad" utilizzando la funzione "trova", o utilizzando la riga di comando.

Apri il tuo file grezzo del DNA e noterai le intestazioni dei ID SNP unici (rs# o i#), cromosoma, posizione e genotipo. I formati differiscono leggermente tra le diverse aziende di test del DNA diretto al consumatore.


Per valutare il tuo rischio di scarsa guarigione dal COVID-19, cerca questi marcatori del DNA descritti di seguito:

Sono stati recentemente pubblicati diversi studi di associazione a livello genomica (GWAS) che descrivono loci associati con insufficienza respiratoria nei pazienti infettati da SARS-CoV-2 e tre studi hanno identificato marcatori SNP nello stesso segmento genomico di circa 50 kb che è ereditato da Neandertal. (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). Inoltre, questi studi GWAS hanno identificato anche una serie di altri marcatori del DNA associati al COVID-19, e ognuno di essi è presentato nella tabella qui sotto.


Inoltre, altri marcatori del DNA inclusi in questo post sono rs4804803 che è stato associato alla SARS, e quelli posizionati nel recettore dell'enzima di conversione dell'angiotensina-2 (ACE2) che è stato dimostrato essere lo stesso recettore per il coronavirus respiratorio umano NL63, il coronavirus della SARS (SARS-CoV) e il nuovo coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Poiché la proteina spike del coronavirus si è evoluta per corrispondere al recettore ACE2, è probabile che gli individui con variazioni che alterano la sequenza proteica risultino in un certo grado di resistenza al covid-19. Di seguito sono riportati SNP non sinonimi dal trascritto ACE2 NM_021804.2 e di particolare interesse sono gli SNP che causano cambiamenti significativi come rs199951323 che porta a un codone di stop prematuro.
Gene dbsnp Cromosoma (GRCh37) POS REF ALT 'Alleli di rischio' Effetto del pennarello. 'Riferimento'
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C Varianti suscettibili T:T e T:C nei maschi.s rapporto di probabilità 1,44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G 'genotipi a rischio G:G e A:G, variante 3_prime_UTR' Il rapporto delle probabilità per l'ospedalizzazione è di 8,29.
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G genotipi a rischio G:G e A:G, variante intronica, variante trascritta genica a monte odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- 'hanno una maggiore suscettibilità alla insufficienza respiratoria, variante intronica' odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C 'genotipi a rischio T:C e C:C, variante intronica' Il rapporto delle probabilità per i portatori eterozigoti è 1,7. Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A 'genotipi a rischio G:A e A:A, variante intronica' Il rapporto delle probabilità per i portatori eterozigoti è 1,7.
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G 'genotipi a rischio G:A e G:G, variante intronica' Il rapporto delle probabilità per i portatori eterozigoti è 1,7.
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C 'genotipi a rischio C:T e C:C, variante intronica' Il rapporto delle probabilità per i portatori eterozigoti è 1,7.
ABO rs657152 9 136139265 A C or T Un allele di rischio, variante intronica. odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - L'allele di rischio è la delezione. p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T Variazioni suscettibili T:T, C:T. p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G Variazioni suscettibili T:T e T:C. odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T genotipi a rischio T:G e T:T, variante missenso. Made et al., 2020;
'SNP sinonimi posizionati in ACE2'
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A 'variante missenso' p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A 'variante missenso' p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A 'variante missenso' p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C 'variante missenso' p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T 'variante missenso' p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A 'variante missenso' p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G 'variante missenso' p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T 'variante missenso' p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C 'variante missenso' p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A 'variante missenso'
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C 'variante della regione di splicing + variante dell'introne' c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T 'variante missenso' p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C 'variante missenso' p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G 'variante missenso' p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T 'variante missenso' p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C 'variante missenso' p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C 'variante missenso' p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T 'variante della regione di splicing + variante dell'introne' c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T 'variante della regione di splicing + variante dell'introne' c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C 'variante missenso' p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G 'variante missenso' p.Ser19Pro/c.55T>C
'SNPs associati a SARS'
CD209 rs4804803 19 7812733 A G Genotipo suscettibile A:A, variante trascritta a monte. NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010


Una interessante osservazione da notare è che il gene ACE2 è posizionato sul cromosoma X, il che significa che gli uomini erediteranno solo una copia di questo gene. La diversità aggiuntiva fornita dalla seconda copia del gene ACE2 nelle femmine sul loro secondo cromosoma X potrebbe in parte aiutare a spiegare perché le donne sono meno suscettibili al covid-19.


Passo 3) Confronta il tuo genotipo/SNPs con ulteriori risultati di ricerca.

Ci sono una vasta gamma di risorse che descrivono informazioni relative a questo controllo SNP, controlla dbSNP e SNPedia.


dbSNP

'dbSNP contiene variazioni di singolo nucleotide umano, microsatelliti e inserzioni e delezioni di piccola scala insieme a informazioni di pubblicazione, frequenza nella popolazione, conseguenze molecolari e mappatura genomica e RefSeq sia per le variazioni comuni che per le mutazioni cliniche.'


SNPpedia

'SNPedia è una wiki che investiga la genetica umana. Condividono informazioni sugli effetti delle variazioni del DNA, citando pubblicazioni scientifiche sottoposte a revisione paritaria. Viene utilizzato da Promethease per creare un rapporto personale che collega le variazioni del tuo DNA alle informazioni pubblicate su di esse.'



**Se sei preoccupato per qualcosa che vedi nei tuoi risultati del DNA, parla con il tuo medico o un consulente genetico.




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