covid-19 회복력을 위한 유전자: 해당하는 DNA 마커 식별 코로나바이러스 저항에감수성
코로나바이러스(CoV)(Nidovirales 주문, Coronaviridae 가족)나>,
서브패밀리
코로나바이러스) 책임많은 지역에서 호흡기 질환 발병에 대해
척추동물 종.
그들은 싱글의 대가족-할 수 있는 좌초된 RNA 외피 바이러스(+ssRNA)
격리
다른 동물 종. 그들은 26~32 킬로베이스 범위의 게놈 크기
(kb) 길이,
RNA의 가장 큰 게놈바이러스(결과적으로 효율성 증가
마스크 중).
중증급성으로도 알려진 코로나19호흡기 증후군 코로나바이러스 2(SARS-CoV-2),
또는 "소설
코로나바이러스 2019"는 새로운 바이러스입니다
그리고 우리는 이제 막 이해하기 시작했습니다 인간의 저항과 감수성.
COVID-19와 SARS는 angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2 receptor)를 통해 인간 호스트를 감염시키고 비슷한 임상적 및 병리학적 특성을 나타내는 데 있어 매우 유사합니다. 관찰된 것처럼 림프구 단백질이 림프구 바인딩을 위해 동일한 림프구에 대해 매우 유사합니다 (Wu., 2020). SARS에 대한 우리의 몸이 어떻게 방어하는지를 알아보면 covid-19에 대해 우리의 몸이 어떻게 방어하는지를 알 수 있을 것입니다.
최근 전체 유전자 대조 연구(GWAS)는 일부 사람들이 COVID-19에 거의 영향을 받지 않고 다른 사람들에게는 이 바이러스가 생명을 위협하거나 심지어 치명적인 결과를 가져오는 이유를 설명하는 유전적 변이를 더 깊이 이해하는 데 도움이 되었습니다.
이 게시물에서 우리는 피어 리뷰 문헌에 대한 리뷰를 제공하고 현재 후보 유전자 정보 SARS-CoV 내성. 집에서 DNA 검사를 했다면 23andMe, Ancestry에서 사용 가능한 것들 DNA, Dante 연구소, 원시 DNA 데이터를 평가하고 볼 수 있습니다. 당신의 DNA 서열이 연구 결과들.
코로나바이러스 저항성 또는 취약성을 분석하는 방법?
1 단계) 원시 자손 DNA 파일을 다운로드하고 안전하고 보안성이 높은 위치에 저장하십시오.
DNA 데이터를 분석하기 위해서는 원시 자손 DNA를 다운로드하고 안전한 위치에 저장하는 것부터 시작하십시오. 다음은 당신의 원시 DNA 파일을 다운로드하는 방법에 대한 설명입니다. 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.
2단계) 원시 DNA 파일 분석
텍스트 에디터(Text Wrangler 또는 Notepad)를 사용하여 '검색' 기능을 사용하여 원시 DNA 데이터를 검색하십시오.
원시 DNA 파일을 열고 고유한 SNP ID (rs# 또는 i#), 크로몰리, 위치 및 유전자형의 헤더를 볼 수 있습니다. 각 바로 가기 소비자 DNA 테스트 회사마다 형식이 약간 다릅니다.
COVID-19에서 불량한 회복의 위험을 평가하기 위해 아래에 설명 된 DNA 마커를 찾아보십시오.
최근에 SARS-CoV-2에 감염된 환자에 대한 호흡 실패에 연관된 로케에 대한 전체 유전자 연구(GWAS)가 몇 개 발표되었으며, 세 개의 연구가 네넨데르탈로부터 상속 받은 동일한 ~50 kb 유전자 세그먼트에서 SNP 마커를 식별했습니다.
(Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). 또한 이 GWAS 연구는 다른 많은 DNA도 확인했습니다 마커 는 COVID-19와 관련이 있으며 각 이 중 아래 표에 나와 있습니다.또한 이 게시물에서 다루는 다른 DNA 마커는 SARS와 관련된 rs4804803과 같이 인간 호흡기 코로나바이러스 NL63, SARS-코로나바이러스 (SARS-CoV) 및 신규 코로나바이러스 2019-nCoV / SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019)과 같은 안구테신 전환 효소-2 (ACE2) 리시버에 위치한 것들이 있습니다. 코로나바이러스의 스파이크 단백질이 ACE2 리시버에 일치하도록 형성되었기 때문에 단백질 순서를 변경하는 변이가 있는 개인은 코로나바이러스 19에 대한 일정 정도의 저항력을 가질 것으로 예상됩니다. ACE2 전사 NM_021804.2에서 비동일한 SNPs가 아래에 나와 있으며, 특히 rs199951323같이 조기 정지 코돈을 일으키는 변이가 관심이 있습니다.
| 유전자 | dbsnp | 염색체(GRCh37) | POS | REF | ALT | 위험 대립 유전자 | 마커 효과 | 참조 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | 남성의 감수성 변이 T:T 및 T:Cs | 승산비 1.44 | Roberts., 2020; |
| SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | 위험 유전자형 G:G 및 A:G, 3_prime_UTR_variant | 입원 승산비 = 8.29 | |
| LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | 위험 유전자형 G:G 및 A:G, intron_variant,genic_upstream_transcript_variant | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
| LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- 더 높은 호흡 부전 감수성, intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | 리스크 유전자형 T:C 및 C:C, 인트론 변이 | 이형 접합체에 대한 승산비 1.7 | Zeberg and Pääbo., 2020; |
| LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | 위험 유전자형 G:A 및 A:A, intron_variant | 이형 접합체에 대한 승산비 1.7 | |
| LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | 위험 유전자형 G:A 및 G:G, intron_variant | 이형 접합체에 대한 승산비 1.7 | |
| LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | 리스크 유전자형 C:T 및 C:C, 인트론 변이 | 이형 접합체에 대한 승산비 1.7 | |
| ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | 위험 대립 유전자 intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | 위험 대립 유전자는 삭제입니다. | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
| IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | 민감한 변형 T:T, C:T | p=1.9x10-7 | |
| Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | 민감한 변형 T:T 및 T:C | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
| TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | 위험 유전자형 T:G 및 T:T, missense_variant | Made et al., 2020; | |
| ACE2에 위치한 동의어 SNP | ||||||||
| ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | missense_variant | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
| ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | missense_variant | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
| ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | missense_variant | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
| ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | missense_variant | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
| ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | missense_variant | p.Arg710His/c.2129G>A | |
| ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | missense_variant | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
| ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | missense_variant | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
| ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | missense_variant | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
| ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
| ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | missense_variant | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
| ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | missense_variant | ||
| ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | splice_region_variant+intron_variant | c.1541+5A>G | |
| ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | missense_variant | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
| ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | missense_variant | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
| ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | missense_variant | p.Val184Ala/c.551T>C | |
| ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | missense_variant | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
| ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | missense_variant | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
| ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | missense_variant | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
| ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | splice_region_variant+intron_variant | c.439+4G>A | |
| ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | splice_region_variant+intron_variant | c.345+5G>A | |
| ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | missense_variant | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
| ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | missense_variant | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
| SARS와 관련된 SNP | ||||||||
| CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | 감수성 유전자형 A:A, upstream_transcript_variant | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |
