covid-19 恢复力的基因:识别相应的 DNA 标记 抗冠状病毒和敏感性

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus Genetic Markers: An Overview of Their Role in Diagnosis and Treatment.


冠状病毒 (CoVs)(Nidovirales 目,Coronaviridae科我>, 亚科 Coronavirinae) 负责用于许多呼吸道疾病的爆发 脊椎动物物种。 他们是单身的大家庭链 RNA 包膜病毒 (+ssRNA),可以 被隔离在 不同的动物种类。他们有基因组大小在 26 到 32 kb 之间 (kb) 长度, 作为最大的 RNA 基因组病毒(因此提高了有效性 的口罩)。 COVID-19 也称为严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2), 或 "小说 coronavirus 2019" 是一种新病毒 而我们才刚刚开始了解人类的抵抗力和敏感性。


COVID-19与严重急性呼吸综合征(SARS)有相似之处,即两种病毒都通过相同的受体血管紧张素转换酶2(ACE2受体)感染人类宿主,并引起类似的临床和病理特征。有趣的是,负责受体结合的突触蛋白在2019-nCoV和SARS-CoV之间高度相似,这是对同一受体的显著选择的结果(Wu.,2020)。研究我们身体如何抵抗SARS可能会揭示我们的身体如何抵抗covid-19。 最近的多组基因组宽度关联研究(GWAS)提供了更深入的见解,可以帮助解释为什么一些人几乎不受COVID-19的影响,而对其他人来说,这种病毒是致命的甚至致命的。

在这篇文章中,我们提供了同行评审文献的回顾和现在 关于候选基因的信息SARS-CoV 抗性。如果您在家中进行过 DNA 测试,例如 来自 23andMe, Ancestry 的那些DNA,Dante 实验室,你可以评估你的原始 DNA 数据并查看 你的 DNA 序列与你的 DNA 序列相比如何研究成果。


如何分析你的DNA以评估对冠状病毒的抵抗力或易感性?


步骤1)下载您的原始染色体DNA文件并将其保存到安全可靠的位置

要分析您的DNA数据,首先下载您的原始染色体DNA并将其保存到安全位置。 以下是从中下载原始DNA文件的说明: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


步骤 2) 分析您的原始 DNA 文件


使用文本编辑器(如“文本折叠”或“记事本”),使用“查找”功能搜索您的原始DNA数据。

打开您的原始DNA文件,您将注意到唯一SNP ID(rs#或i#),染色体,位置和基因型的标题。每个直接消费者DNA测试公司的格式略有不同。


要评估您患COVID-19后恢复不良的风险,请查看下面描述的DNA标记:

最近发表了几项全基因组关联研究(GWAS),描述了感染SARS-CoV-2的患者呼吸衰竭的基因组位点,三项研究在从尼安德特人继承的相同~50 kb基因组段中识别出SNP标记。 (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). 此外,这些 GWAS 研究还确定了许多其他 DNA标记 与 COVID-19 相关,并且每个 这些在下表中列出。


此外,本文还涵盖了其他DNA标记,其中包括与SARS有关的rs4804803,以及位于血管紧张素转换酶-2(ACE2)受体上的标记,该受体被证明是人类呼吸道冠状病毒NL63,SARS冠状病毒(SARS-CoV)以及新型冠状病毒2019-nCoV / SARS-CoV(李等,2017 ;陆等,2019 )的受体。由于冠状病毒的尖刺蛋白已经进化以匹配ACE2受体,因此变异导致蛋白质序列发生变化的个体可能会在一定程度上抵抗covid-19。 以下是ACE2转录本NM_021804.2中的非同义SNP,特别值得注意的是导致重大变化的SNP,例如rs199951323,它会导致早期停止密码子。


基因 dbsnp 染色体 (GRCh37) POS REF ALT 风险等位基因 标记效果 参考
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C 男性易感变异 T:T 和 T:Cs 优势比 1.44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G 风险基因型 G:G 和 A:G, 3_prime_UTR_variant 住院优势比 = 8.29
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G 风险基因型 G:G 和 A:G, intron_variant,genic_upstream_transcript_variant odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- 具有较高的呼吸衰竭易感性,intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C 风险基因型 T:C 和 C:C,内含子变异体 杂合子携带者的优势比 1.7 Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A 风险基因型 G:A 和 A:A, intron_variant 杂合子携带者的优势比 1.7
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G 风险基因型 G:A 和 G:G, intron_variant 杂合子携带者的优势比 1.7
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C 风险基因型 C:T 和 C:C,内含子变异 杂合子携带者的优势比 1.7
ABO rs657152 9 136139265 A C or T 风险等位基因,intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - 风险等位基因是缺失 p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T 易感变异 T:T, C:T p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G 易感变异 T:T 和 T:C odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T 风险基因型 T:G 和 T:T,错义变体 Made et al., 2020;
位于 ACE2 中的同义 SNP
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A 错义变体 p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A 错义变体 p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A 错义变体 p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C 错义变体 p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T 错义变体 p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A 错义变体 p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G 错义变体 p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T 错义变体 p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C 错义变体 p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A 错义变体
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C 剪接区变体+内含子变体 c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T 错义变体 p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C 错义变体 p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G 错义变体 p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T 错义变体 p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C 错义变体 p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C 错义变体 p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T 剪接区变体+内含子变体 c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T 剪接区变体+内含子变体 c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C 错义变体 p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G 错义变体 p.Ser19Pro/c.55T>C
与 SARS 相关的 SNP
CD209 rs4804803 19 7812733 A G 易感基因型 A:A,upstream_transcript_variant NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010


需要注意的一个有趣的观察是 ACE2 基因位于X染色体, 意思是男人只会继承一份这个基因。由 提供的额外多样性女性第 2 个 X 上 ACE2 基因的第 2 个副本染色体可以部分帮助解释为什么女性更少 易感染covid-19。


步骤 3) 将您的基因型/SNP 与其他研究结果进行比较

有大量资源描述与此相关的信息SNP 签出 dbSNP 和 SNPedia


dbSNP

dbSNP包含人类单个核苷酸变异、微卫星和小规模插入和删除,以及公布的、群体频率、分子后果、基因组和RefSeq映射信息,既包括常见变异,也包括临床突变。


SNPpedia

SNPedia"是一个研究人类遗传学的维基百科。他们分享有关DNA变异的信息,引用同行评审的科学出版物。它被Promethease用来创建一份个人报告,将您的DNA变异与关于它们的信息联系起来。



**如果你担心你在 DNA 结果中看到的任何东西,请和你说话 医生,或遗传学顾问




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